報(bào)告題目：Showcasing Py-ChemShell v21—Introducing the Brand New Biomolecular Simulation Workflow
報(bào)告人：呂游 博士（Daresbury Laboratory高級(jí)計(jì)算科學(xué)家）
報(bào)告時(shí)間：2022年1月5日(周三) 19:00-21:00
報(bào)告地點(diǎn)：東三樓321會(huì)議室
報(bào)告摘要：
ChemShell是一個(gè)高度可腳本化的計(jì)算化學(xué)程序。除了支持各種類型的計(jì)算以外，ChemShell的主要優(yōu)勢(shì)在于作為多個(gè)軟件之間的接口能很好地處理量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM/MM）組合計(jì)算。Py-ChemShell是基于當(dāng)今最流行的編程語(yǔ)言Python對(duì)原始基于Tcl語(yǔ)言的Chemshell進(jìn)行重新開發(fā)。就在兩周前，Py-ChemShell發(fā)布最新版V21。該版本中最突出的特點(diǎn)在于擁有全新的生物大分子模擬工作流程，可自動(dòng)執(zhí)行用于QM/MM計(jì)算的反應(yīng)模型構(gòu)建。它顯著降低了使用QM/MM方法進(jìn)行理論化學(xué)計(jì)算的門檻。在本講座中，Py-ChemShel項(xiàng)目的首席開發(fā)人員呂游博士將通過代碼來演示運(yùn)行該軟件的基本流程。
報(bào)告人簡(jiǎn)介：
呂游，2005年畢業(yè)于北京大學(xué)，并獲得學(xué)士學(xué)位；2005年-2011年于德國(guó)馬克斯-普朗克煤炭研究所攻讀博士學(xué)位，主要進(jìn)行半經(jīng)驗(yàn)方法的發(fā)展和激發(fā)態(tài)模擬的相關(guān)研究。博士后期間繼續(xù)從事溶劑化的有機(jī)體系激發(fā)態(tài)動(dòng)力學(xué)研究工作以及Tcl-Chemshell的改進(jìn)和優(yōu)化。2012年-2014年，在荷蘭 Amsterdam Density Functional company (SCM公司) 進(jìn)行科學(xué)研究工作，開展了對(duì)基于密度泛函的緊束縛模型(DFTB)以及色散校正的相關(guān)研究。2014年至今，作為資深計(jì)算科學(xué)家全職加入英國(guó)UKRI STFC Daresbury Laboratory工作，先后主持Py-Chemshell程序的全棧設(shè)計(jì)和開發(fā)，并致力于將其用于材料科學(xué)計(jì)算和生物大分子體系模擬的研究。
